空き家3000万円控除と耐震基準適合証明書の手順

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公開 2026-10-14

導入

相続した空き家を売却すると、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例がある。昭和56年5月31日以前に建てられた家屋はこの特例の対象になりうるが、旧耐震基準で建てられていることが多い。そのため「耐震基準適合証明書」または「建設住宅性能評価書」の提出が、控除適用の条件になるケースがある。いつの時点の証明書が有効か、どのタイミングで取得すればよいかで迷う人が多い。本記事は国税庁が公表する制度情報をもとに、取得のタイミングと確定申告での扱いを整理する。

結論：何をすればよいか

• 家屋を売る、または家屋と敷地を売る場合、譲渡の時に耐震基準を満たしていることが原則の要件。
• 令和6年1月1日以後の譲渡に限り、譲渡時に基準を満たしていなくても、譲渡の日の属する年の翌年2月15日までに耐震基準を満たす、または家屋を取り壊せば特例の対象になる。
• 証明書は「耐震基準適合証明書」または「建設住宅性能評価書」のいずれかの写しを確定申告に添付する。
• 通常のケースでは、証明のための調査が譲渡の日前2年以内に終了している必要がある。
• 市区町村長が発行する「被相続人居住用家屋等確認書」と合わせて、所轄税務署に提出する。

必要なもの

• 確定申告書、および譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書〔土地・建物用〕）
• 売った資産の登記事項証明書等（相続・遺贈による取得、建築時期、区分所有建物でないことを明らかにするもの。不動産番号の記載で添付省略可）
• 被相続人居住用家屋等確認書（売却した不動産の所在地を管轄する市区町村長が交付）
• 耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写し
• 売買契約書の写し等（売却代金が1億円以下であることを明らかにする書類）
• 家屋を取り壊して敷地のみ売る場合は、取壊しを証する書類（登記事項証明書その他）

手順

1. 家屋が特例の対象になるか確認する 昭和56年5月31日以前の建築、区分所有建物登記がされていないこと、相続開始の直前に被相続人以外の居住者がいなかったことを確認する。 ここでのつまずき：被相続人が要介護認定等を受けて老人ホーム等に入所していた場合は判定が別枠になる。自己判断せず国税庁の関連情報や税務署に確認する。

2. 家屋の耐震性を確認する 昭和56年5月31日以前の建築は旧耐震基準の可能性が高いが、実際に基準を満たすかは調査を経ないと分からない。 ここでのつまずき：築年数だけで耐震性を判断し、証明書取得のタイミングを誤るケースがある。

3. 売却と耐震基準適合のタイミングを決める 譲渡時点で基準を満たしておく方法と、譲渡後に基準を満たす・取り壊す方法のどちらを取るか判断する。 ここでのつまずき：譲渡後に基準を満たす方法は令和6年1月1日以後の譲渡に限られる。それより前の譲渡では使えない。

4. 耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写しを準備する 通常のケースでは、譲渡の日前2年以内に証明のための調査が終了している、または評価されているものに限られる。譲渡後に基準を満たす場合は、譲渡の時からその譲渡の日の属する年の翌年2月15日までの期間内に工事が完了し、工事完了の日から確定申告書の提出の日までの期間に調査が終了または評価されたものに限られる。 ここでのつまずき：証明書の有効期限を単純に「2年以内」とだけ覚えて、古い証明書を流用しようとするケースがある。調査終了日・評価日を証明書の記載で必ず確認する。

5. 家屋を取り壊す場合は取壊しの事実を証する書類を準備する 全部の取壊し等をした後に敷地等を売る場合は、耐震基準適合証明書ではなく、登記事項証明書その他の取壊しを証する書類が必要になる。 ここでのつまずき：家屋の一部だけの取壊しでは「全部の取壊し等」の要件を満たさない可能性がある。判断に迷う場合は税務署に確認する。

6. 市区町村から被相続人居住用家屋等確認書の交付を受ける 売った資産の所在地を管轄する市区町村長に申請し、確認書の交付を受ける。 ここでのつまずき：確認書に記載される事項は、家屋を売る場合・取壊し後に敷地を売る場合・翌年2月15日までに基準を満たした場合とで異なる。自分のケースに合う区分を把握してから申請する。

7. 確定申告書に必要書類を添付して所轄税務署に提出する 譲渡所得の内訳書、登記事項証明書等、被相続人居住用家屋等確認書、耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写し、売買契約書の写し等をまとめて提出する。 ここでのつまずき：提出先は売った人の所轄税務署。確認書の交付元（物件所在地の市区町村）と申告先が異なる点を見落としやすい。

8. 控除適用後、売却代金の合計額を継続して確認する 分割売却や他の相続人の売却分を含めて、相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日までの売却代金合計が1億円を超えないか確認する。 ここでのつまずき：自分の売却時点で1億円以下でも、後から他の相続人の売却分を合算して超える場合がある。その場合、売却の日から4ヶ月以内に修正申告書の提出と納税が必要になる。

よくあるつまずきと対処

• 証明書の有効期間の勘違い：原則、証明のための調査が譲渡の日前2年以内に終了しているものに限られる。古い証明書は使えない。調査日を証明書の記載で確認する。
• 控除額の思い込み：令和6年1月1日以後の譲渡で、家屋等を取得した相続人が3人以上の場合は上限が2,000万円になる。相続人の人数を事前に確認する。
• 老人ホーム入所ケースの見落とし：相続開始の直前に被相続人が居住していなかった場合は別の要件判定が入る。該当する可能性があれば国税庁の関連情報や税務署で確認する。
• 特別の関係がある人への売却：親子、夫婦、生計を一にする親族などへの売却は特例の対象外。買主の関係性を事前に確認する。
• 他の特例との重複適用：取得費の特例や収用等の場合の特別控除など、他の特例の適用を受けている場合はこの特例を使えない。どちらを使うか事前に検討する。

提出・完了後の確認

• 確定申告書の控え（収受印のあるものまたはe-Taxの受信通知）を保管する。
• 添付した耐震基準適合証明書、被相続人居住用家屋等確認書の写しも保管しておく。
• 相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日まで、売却代金の合計額を継続して確認する。
• 合計額が1億円を超えた場合は、その売却の日から4ヶ月以内に修正申告書の提出と納税が必要になる点を忘れずに確認する。

制度や手順は変更されることがあります。実行前に必ず提供元の公式情報をご確認ください。