空き家3000万円控除 要件と2024年改正の手続き

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公開 2026-09-28

導入

相続した実家を売却するとき、譲渡益への課税を心配する人は多い。空き家のまま放置しても管理の手間がかかり、売却を検討する家庭は増えている。国税庁は、被相続人の居住用財産（空き家）を売った場合に、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる特例を設けている。この特例は令和6年（2024年）1月1日以後の譲渡から一部の要件が変わった。相続人の数による控除額の変化と、譲渡後の耐震改修・取り壊しを認める区分の追加が主な改正点。本記事は国税庁タックスアンサーNo.3306の内容にもとづき、適用要件と申告手順を整理する。

結論：何をすればよいか

• 昭和56年5月31日以前に建築され、区分所有建物登記がなく、相続開始直前に被相続人以外の居住者がいなかった家屋が対象になる。
• 令和6年1月1日以後の譲渡で、家屋・敷地等を相続または遺贈により取得した相続人の数が3人以上の場合は、控除の上限が2,000万円になる。
• 家屋を売る場合、取り壊して敷地だけを売る場合、譲渡後に耐震改修または取り壊しをする場合で、それぞれ要件と必要書類が異なる。
• 相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却する必要がある。
• 適用を受けるには確定申告が必須で、市区町村が発行する「被相続人居住用家屋等確認書」を含む複数の書類をそろえる必要がある。

必要なもの

• 譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）[土地・建物用]
• 売った資産の登記事項証明書等（不動産番号等の明細書への記載で添付省略も可能）
• 売った資産の所在地を管轄する市区町村長から交付を受ける「被相続人居住用家屋等確認書」
• 耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写し（該当する区分の場合。譲渡の日前2年以内の調査・評価に限る）
• 売買契約書の写しなど、売却代金が1億円以下であることを明らかにする書類
• 家屋の全部取壊し等をしたことを証する登記事項証明書その他の書類（取壊しを伴う区分の場合）

手順

1. 家屋・敷地が特例の対象要件を満たすか確認する。 ここでのつまずき：建築時期の確認を後回しにすると、昭和56年5月31日以前に建築されたことを証明できず、確認書の交付が受けられないことがある。
2. どの売却パターンに該当するか決める（イ：家屋または家屋と敷地を売る、ロ：取壊し後に敷地を売る、ハ：譲渡後に耐震改修または取壊しをする）。 ここでのつまずき：ハの区分は令和6年1月1日以後に行う譲渡に限られる。この点を見落とすと、譲渡後に耐震改修や取壊しを行っても特例が使えない前提で計画してしまう。
3. 相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却する。 ここでのつまずき：期限は「3年後の同日」ではなく「3年を経過する日の属する年の12月31日」。年をまたぐ計算を誤ると、期限を過ぎてから気づくことになる。
4. 市区町村に「被相続人居住用家屋等確認書」の交付を申請する。 ここでのつまずき：確認書に記載される確認事項は売却パターンごとに異なる。パターンを決めずに申請すると、窓口でやり取りが往復し、交付までの時間が延びる。
5. 必要な場合は、譲渡の時までに耐震基準を満たす工事を行うか、譲渡後の翌年2月15日までに耐震改修または取り壊しを行う。 ここでのつまずき：耐震基準適合証明書は、譲渡の日前2年以内に調査が終了しているものに限られる。証明書の取得順序を誤ると、要件を満たさない証明書になる。
6. 必要書類をそろえて確定申告書を作成する。 ここでのつまずき：登記事項証明書の代わりに「譲渡所得の特例の適用を受ける場合の不動産に係る不動産番号等の明細書」を使うと添付を省略できるが、不動産番号の記載漏れがあると省略が認められない可能性がある。
7. 所轄税務署に確定申告書を提出する。 ここでのつまずき：申告先は所轄税務署。売却物件の所在地と自分の住所地の税務署を混同すると、提出先を誤る。
8. 売却代金の合計額が1億円以下であることを、売却から3年を経過する日の属する年の12月31日まで継続して確認する。 ここでのつまずき：この特例の適用を受けて売却した被相続人居住用家屋等の残りの部分を、自分や他の相続人が後日売却し、売却代金の合計額が1億円を超えたときは、その売却の日から4ヶ月以内に修正申告書の提出と納税が必要になる。

よくあるつまずきと対処

• 老人ホーム入所後に亡くなった場合の扱いが分からない。 対処：要介護認定等を受けて老人ホーム等に入所していた場合は、特定事由による「従前居住用家屋」として別の要件で判定される。国税庁は関連情報を別のコード（No.3307）で示しているため、該当しそうな場合は市区町村や税務署に事前に確認する。
• 相続人が何人いるかで控除額の判定を誤る。 対処：令和6年1月1日以後の譲渡で、家屋・敷地等を取得した相続人が3人以上の場合は控除上限が2,000万円になる。共有取得の人数の数え方に迷う場合は、申告前に所轄税務署へ確認する。
• 耐震基準適合証明書の取得タイミングを誤る。 対処：証明書は譲渡の日前2年以内に調査が終了しているもの、または譲渡後の区分では工事完了後に調査が終了したものに限られる。工事や調査の日程を先に確定し、証明書発行の期限から逆算して動く。
• 特別の関係がある人に売ってしまう。 対処：親族、生計を一にする親族、売却後に同居する親族、内縁関係にある人、特殊な関係のある法人などへの売却は特例の対象外。買主が該当しないか、契約前に確認する。
• 他の特例と同時に使おうとする。 対処：相続財産を譲渡した場合の取得費の特例や収用等の場合の特別控除など、他の特例の適用を受けている場合はこの特例を使えない。どちらを選ぶかは税額に影響するため、税理士や税務署に相談してから決める。

提出・完了後の確認

• 確定申告書を書面提出した場合は、控えに収受日付印（または受付印）があるかを確認する。
• e-Taxで提出した場合は、受信通知が届いているかを確認する。
• 提出した添付書類（内訳書、確認書、証明書、契約書の写しなど）が控えとそろっているかを確認する。
• 売却代金の合計額を、売却の年から3年を経過する日の属する年の12月31日まで継続して把握しておく。この間に合計額が1億円を超えた場合は、その売却の日から4ヶ月以内に修正申告書の提出と納税が必要になる。
• 適用要件や書類の判断に迷う点が残っている場合は、申告前に所轄税務署へ確認する。

制度や手順は変更されることがあります。実行前に必ず提供元の公式情報をご確認ください。